神舟”飞船发射时，航天员都坐在火箭的返回舱内。返回舱在火箭的整流罩外面有一面国旗，国旗的上面就是返回舱所处的位置。
航天员进舱是发射程序中一项重要工作。进舱时间非常讲究，过早不行，过晚也不行。航天员进舱一般是在各系统状态稳定、主要功能检查完成后，要尽可能接近火箭点火时间，以降低航天员风险。
进舱时间早了，航天员等待时间过久，心理上可能产生紧张情绪，排便、排尿、饮水需求也将随时间延长而增加；但也不能过晚进舱，免得影响发射塔飞船舱段工作平台的撤收，且进舱后，航天员还要完成各种准备工作，时间仓促容易忙中出错。因此，航天员进舱一般选择在点火前2～3小时。
航天员进舱的时候，操作人员先把火箭上的航天员进出舱口（大约1.2米宽、1.2米高）打开，再把里面飞船上正对着舱口的返回舱口打开，让航天员在操作人员的协助下进入舱内。进舱后，航天员首先要入座，检查舱内状态。
而后连接通信和数据传输插头，连接航天服的通风、供氧软管等，再检查航天服气密性，还要给座舱配气、检查天地通话、飞船仪表板显示等，最后调节束缚带的松紧度，关闭面窗，等待发射。当所有状态确认正常以后，操作人员依次关闭返回舱口盖和整流罩上的舱口，并锁上。
飞船结构
载人飞船是目前最小的一种载人航天器，仅能往返使用一次，在太空轨道上一般能单独飞行数天到十几天，也可作为往返于地面和空间站之间或地面和月球以及地面和行星之间的“渡船”，还能与空间站或其他航天器对接后进行联合飞行。
1、座舱是载人飞船的核心，通常采用无翼的大钝头旋转体，有的是球形，有的是钟形，采用这种外形具有结构简单、工程上易于实现等特点。当飞船再入大气层时，座舱在距地面40km左右高空就能急剧减速，造成峰值减加速度（也叫最大过载）为8g左右（采用半弹道式路径返回方式可达3~4g）。
这样的减加速度，经过选拔和训练的航天员是可以承受的。座舱一般均有视野开阔的舷窗，以便航天员观察发射前的准备活动、在轨交会对接情况、返回点火时的姿态和再入着陆的地面情况等。俄罗斯航天员曾多次在自动对接系统失灵情况下，通过舷窗进行手动对接获得成功。
2、服务舱又叫推进舱、设备舱或仪器舱，它一般紧接在座舱后面。通常安装推进系统、电源、气瓶和水箱等设备，起保障和服务作用，为飞船提供动力，为航天员提供氧气和水。
3、轨道舱也称工作舱，它位于座舱前面，是为了增加航天员的活动空间。一般是航天员在轨工作场所，里面装有多种试验设备和实验仪器。
4、气闸舱是航天员在轨出舱时，保证飞船舱内气体不致全部漏到宇宙空间的设备，即供航天员进入太空或由太空返回用的气密性装置。在2舱式飞船中它是座舱的一部分，在3舱式飞船中它是轨道舱的一部分。
5、对接机构也叫对接舱，它与座舱或轨道舱相连，用于与其他飞船或空间站对接和锁紧。
6、载人飞船的应急救生装置，用于保障在紧急情况下使航天员安全返回地面，或转移到其他载人航天器上。现有弹射座椅、救生塔、分离座舱和载人机动装置几种。
为了保证航天员能够进入太空和安全地返回地面，载人飞船一般设有结构分系统、生命保障分系统、热控制分系统、姿态控制与轨道控制分系统、推进分系统、无线电通信与测控分系统、电源分系统、仪表与照明分系统和返回着陆系统等多个分系统。
其中生命保障分系统、应急救生分系统、仪表与照明分系统等为载人航天器特有的。因而比无人卫星复杂得多，是人类航天技术的一次突破性飞跃。
